防止食用菌退化可以提高产量，减轻病虫害发生，减少农药用量，是生产绿色无公害食用菌的基础。培养菌种的环境温度不能超过28℃，培养好的菌种常温存放不超过15天，控制好培养基础菌的时间和温度，防止破坏营养成分，保持适宜酸碱度。要定期更换培养基，如蛋白胨、麦麸、马铃薯等原料交替使用。原种不要一次用完，分次取出，余下低温保存，防止转代过多。保证菌种纯培养，避免使用污染菌种，防止近距离相连接培养。严格控制菌种传代次数，减少机械损伤。低温保存菌种，低温型菌种如蘑菇、香菇在4℃保存，高温型菌种如草菇在16℃保存。避免单一培养基多次传代，防止菌种老化退化。菌种不宜过长时间使用，定期复壮，在适温、适宜酸碱度、充足氧量、无杂菌条件下培养。每年进行孢子分离和有性繁殖筛选优良菌株，通过组织分离巩固遗传特性。
