半知菌类是指有性世代不明的真菌。在真菌生活史中，存在有性繁殖时期（完全型，有性世代）和只进行无性繁殖的时期（不完全型，无性世代）。许多半知菌仅通过无性繁殖产生营养孢子，少数仅有菌丝而不形成孢子。根据菌丝和营养孢子的特征，部分半知菌可归入壶菌、接合菌或担子菌等类群，而多数实际上可归属于子囊菌。半知菌类原为一种临时分类，用于归类尚未发现有性繁殖阶段、分类位置不明的真菌，该分类现已废止。不完全型指仅进行无性繁殖的菌类，完全型指进行有性繁殖的菌类，后者通常也同时进行无性繁殖。绝大多数半知菌具有有隔菌丝，仅以分生孢子进行无性繁殖，罕见有性繁殖，为分类需要而被归为半知菌亚门。
