影响农产品质量安全的危害因素主要包括：农业种养过程可能产生的危害、农产品保鲜包装贮运过程可能产生的危害、农产品自身生长发育过程中产生的危害、农业生产中新技术应用带来的潜在危害。具体表现为：蔬菜中有机磷类农药残留，茶叶的农药和重金属残留，水果的农药和生长激素残留，畜产品的兽药、添加剂残留及微生物超标（如猪肉中的“瘦肉精”），水产品的药物残留、有害微生物超标和贝类产品的环境污染。此外，农产品受土壤、水源、农药及化肥影响；畜产品受饲料、兽药、疫苗以及养殖、屠宰环节影响；贮藏、运输、包装也对农产品质量产生影响。
