金针菇栽培常见竞争性杂菌为红色链孢霉和绿色木霉；主要虫害包括螨害和鼠害。防治方法为综合防治。常见害虫有菇蝇、尖眼蕈蚊、螨类，高温时易高发。菌丝蔓延期发现成虫需用杀虫剂，如敌敌畏、马拉硫磷、二嗪农、除虫脲或溴氰菊酯。出菇期应停用。发菌期杂菌有绿霉、黄曲霉、根霉、链孢霉和细菌等；害虫有菇蚊、螨虫等。需从菌种质量、灭菌、空气净化等环节防控。发现染菌袋及时剔除销毁。出菇房应控制CO₂浓度≤12000mg/kg，湿度＜95%，温度＜8℃，常通风。菇房清空后彻底消毒干燥再使用。细菌性斑点病：菌盖现黄褐色锈斑，初为针尖状，后扩大至绿豆大小，影响商品性。病菌仅侵染表皮，不深入菌肉。防治：控温≤6℃，湿度≤80%。软腐病：多从基部侵染，初呈褐色水渍斑，扩大后产生灰白色絮状菌丝，组织软腐。高温（＞9℃）、通风不良、CO₂过高时病情扩展快，致菇体倒伏腐烂。
