番茄病毒病主要由烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒和马铃薯花叶病毒等侵染所致。症状多样：多数叶片呈黄绿相嵌花斑，病叶皱缩略卷曲，背面叶脉产生灰褐色坏死斑，病株顶部伸展不开；有的叶呈线状，或中上部细枝丛生，叶片细小密集，不开花结实或仅开花不结实。茎上病斑为黑色或黑褐色坏死条斑，果实病斑初为圆形或不规则坏死斑，后随果实发育凹陷成畸形果。
病毒主要通过汁液接触传染，寄主有伤口即可侵入。初侵染源包括土壤病残体、越冬寄主残体、烟叶烟丝。蚜虫为害、农事活动都可传毒。发病与环境条件、植株生长势关系密切：植株衰弱，高温干旱利于发病；氮肥偏多或土壤瘠薄、板结、黏重、排水不良发病重。
发病盛期在4月下旬至7月及9-11月，春季以烟草花叶病毒为主，秋季以黄瓜花叶病毒、番茄黄化曲叶病毒为主。早春温度偏高、少雨，蚜虫、粉虱、蓟马多发年份发病重；秋季夜温和地温偏高、少雨，蚜虫、粉虱多发年份发病重。连作地、周边毒源寄主多、种植过密、农事操作不注意防传毒、肥水不均、偏施氮肥的田块发病重。品种间抗病性差异大，粉红系列较大红系列抗病。
