不发酵效果不好，所以必须发酵。未经腐熟的农家肥含有大量病菌虫卵，容易引起果树根系病虫害，污染环境；养分多呈有机态，不易被果树吸收，造成肥料损失；在土壤中经微生物分解和发酵时，产生大量热量，容易烧伤果树毛细根；同时吸收大量氮素，造成果树短期缺氮；且需要一个过程，导致肥效滞后，与果树生长节奏和需肥时期难以一致，起不到施肥目的，甚至造成不利影响。因此，农家肥必须经过腐熟才能施用。高温发酵可杀灭病虫害及杂草种子，减轻病虫草害，避免与作物争氮，不会出现烧根。施用未发酵腐熟的农家肥会引起植物烧根，因为不进行充分发酵会生虫子，施用后会给农作物造成根部虫害。
