土壤是蔬菜的根系环境和多种病原菌越冬场所。正常情况下，土壤中病原菌与有益微生物保持平衡。蔬菜根系分泌物和病根残留会打破这种平衡，导致病原菌数量增加引发病害。棚室土壤因光照少、温湿度高，病原菌增殖快，加上缺乏抗病品种，土传病虫害随连作年限增加而加重。多种病原菌通过病残体在土壤越冬，成为翌年初侵染源。露地环境中病菌死亡率高，发病迟、为害轻；而棚室环境病菌可安全越冬并周年发生。菜苗猝倒病、立枯病病菌能在土壤越冬且营腐生生活，在老式育苗床易造成毁苗。地下害虫如蝼蛄、韭蛆因棚室土壤温暖潮湿疏松而早发多发。土壤状况直接影响病虫害发生：疏松肥沃的有机质土壤利于蔬菜稳产并减少病虫；反之则生长差、施肥多、易发病虫。