该病由半知菌亚门葡萄孢属真菌引起，病菌以菌丝体在寄主病部或以菌核在土壤中越冬。第二年春季气温上升时，越冬菌丝体产生分生孢子梗和分生孢子，造成再次侵染。在气温15-25℃，相对湿度大于90%时病情扩展快，连阴雨后易重发。百合灰霉病的病原菌可在土壤及病残株上存活生长，在寄主被害部位或以菌核在土壤中越冬。春季温度升高时，越冬病菌大量繁殖，借空气、雨水及田间农事操作传播。百合灰霉病也可通过带菌种球传播，生理性伤害部位易发病。病菌菌丝生长适温为15℃至25℃，最佳为20℃，空气相对湿度90%以上有利于病害流行。条件适合时，短时间内可大量繁殖。连续阴雨天和雾天，叶片有水分时可导致病害暴发和流行。
