施肥对环境的负面影响主要是污染土壤和水质，改变水体微生物种群，破坏土壤结构。过量使用化肥会导致氮素转化成气态氮，其中的一氧化二氮排到大气层中有损臭氧层；在降雨或灌溉时，土壤中过剩的硝酸盐会造成地下水系或水域的污染，致使农作物遭受肥害或使池塘中的鱼类窒息而死；长期单施氮素肥料，使土壤中残留大量的硫酸根和碳酸根离子，与钙离子反应易形成土壤板结，使土壤的物化性能削弱；偏施氮肥还会使农作物营养生长过旺，造成环境荫蔽，诱发病虫害；雨前大量撒施肥料易提高土壤肥料溶液浓度，使之发生急性反渗透，导致农作物局部或者大片萎蔫或死亡。施肥对环境的负面影响包括对水体和空气的污染，直接影响人类健康。
