茼蒿菌核病主要发生在茼蒿茎基部，苗期和成株期均可发病，发病初期呈水浸状褐色腐烂，湿度大时病部表面长出白色菌丝体，后期形成菌核，菌核初白色后变为鼠粪状黑色颗粒状物，导致植株倒折或枯死。茼蒿菌核病在茼蒿各生育期都可发生，主要为害茎基部。苗期发病常造成成片死苗烂棵，病苗上产生浓密白霉并形成黑色菌核。成株期病菌多从茎基或下部叶片开始侵染，病部呈水渍状腐烂，发展迅速，表面密生絮状白霉，逐渐转变成鼠粪状菌核。对于内膛部和结果母枝基部主蔓上的潜伏芽，因萌发较晚且需培养更新预备枝，不提倡抹芽，待萌发成幼枝时再选择抹除。
