农产品质量安全的潜在危害因素主要包括农业种养过程可能产生的危害、农产品保鲜包装贮运过程可能产生的危害、农产品自身的生长发育过程中产生的危害以及农业生产中新技术应用带来的潜在危害。具体包括：因投入品不合理使用造成的农药、兽药、渔药、添加剂等有毒有害物质残留污染；因产地环境造成的本底性污染和重金属毒物如汞、砷、铅、铬、镉及非金属毒物如氟化物；贮存过程中使用的保鲜剂、催熟剂和包装材料中有害化学物产生的污染，以及流通渠道中的二次污染；农产品本身的天然毒素；由于技术发展（如转基因技术）或物种变异带来的新危害。
