本病由鞭毛菌亚门真菌瓜果腐霉菌侵染所致。病菌以卵孢子随病残体在土壤中越冬，可营腐生生活。条件适宜时卵孢子萌发，产生芽管，直接侵入幼芽，或芽管顶端膨大后形成孢子囊，以游动孢子借雨水或灌溉水传播到幼苗上，从茎基部侵入。菌丝体可产生孢子囊，游动孢子直接侵害幼苗，引起猝倒。病菌借雨水或灌溉水的流动而传播。病菌虽喜34℃高温(30～36℃)，但土温15～20℃时繁殖最快，在8～9℃低温条件下也可生长，故当苗床温度低，幼苗生长缓慢，再遇高湿，则感病期拉长，特别是在局部有滴水时，很易发生猝倒病。尤其苗期遇有连续阴雨雾天，光照不足，幼苗生长衰弱发病重。当幼苗皮层木栓化后，真叶长出，则逐步进入抗病阶段。病菌以卵孢子或菌丝在土壤中及病残体上越冬，并可在土壤中长期存活。病菌的腐生性很强，可在土壤中的病株残体上营腐生生活，能长期生存。病菌以卵孢子和菌丝体在土壤中越冬和度过不良的环境条件，在适宜的环境条件下萌发产生游动孢子侵害寄主。
