稻曲病病菌以厚垣孢子附着在种子表面和落入田间越冬，也可以菌核在土中越冬。第二年菌核萌发产生子座，形成子囊壳，产生子囊孢子，成为主要初侵染源。厚垣孢子产生分生孢子，子囊孢子和分生孢子借气流传播，开花时萌发，菌丝侵入子房和柱头，并深入胚乳中迅速生长形成孢子座，造成谷粒发病。稻曲病由真菌中的担子菌亚门类绿核菌侵染所致，主要以菌核在土壤中越冬，其次可借厚垣孢子在被害谷粒内或健谷颖壳上越冬。翌年7～8月，菌核和厚垣孢子在适宜条件下萌发产生子囊孢子和分生孢子，在水稻孕穗期（主要在破口期前6～10天）借气流、雨、露传播，侵入剑叶叶鞘内，侵染花器及幼颖，引起谷粒发病。稻曲病的发生与气候、施肥水平和品种抗性密切相关。病菌在24～32℃及高湿环境下萌发传播，抽穗、扬花期遇多雨、低温，尤其连续阴雨天气发病重。淹水、串灌、漫灌是流行的重要因素。偏施氮肥、氮肥过多过晚也利于发病。栽培晚熟品种或插秧过迟增加感病机会。杂交稻发病重于常规稻，中晚稻重于早稻。气温24-32℃病菌发育良好，26-28℃最适，低于12℃或高于36℃不能生长。抽穗扬花期遇雨及低温则发病重。抽穗早的品种发病较轻。施氮过量或穗肥过重加重病害发生。连作地块发病重。
