杂菌如木霉、青霉、根霉、毛霉、曲霉等会侵染苓木，影响茯苓菌丝生长甚至导致“瘟窖”。防治方法包括：严格选择苓场，防止段木污染，加强苓场排水；选用良种；若苓木被污染，需挖开覆土，清除污染部分并日晒消毒，严重污染则烧毁。虫害主要有白蚁、螨类和苓虱。白蚁防治可用80%亚砷酸、15%水杨酸和5%氯化铁配成毒剂喷洒蚁巢、蚁路；螨类可用40%三氯杀螨醇800倍液或0.5%敌敌畏药液喷洒；苓虱可用5%氯丹粉喷杀。黑翅白蚁蛀食松木段，选苓场应避开蚁源，清除腐烂树根，或在苓场周围设诱杀坑，埋入松木或蔗渣诱捕，还可引入天敌蚀蚁菌，灭蚁率达100%。
