甜菜褐斑病可用生物农药多抗霉素喷雾防治。发病初期喷洒50%多霉灵可湿性粉剂800倍液、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、40%灭病威胶悬剂700倍液或40%百霜净胶悬剂600～700倍液。防治效果不佳时可改用50%苯菌灵可湿性粉剂、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液或65%甲霉灵可湿性粉剂1000倍液，隔10～15天1次，连续2～3次。预防措施包括选用抗病品种（甜研201、甜研301、甜研302、甜研303、双丰8号、范育1号等）、收获后清除病残体、实行4年以上轮作，当年甜菜地与去年种植地保持500米以上距离。
