微生物肥料是指含有活微生物或酵素的固体或液体制剂，施用于种子、幼苗或土壤，可增强养分有效性或增加土壤养分，补充有益微生物数量，维持良好土壤生态环境。根据作用可分为固氮菌（共生、协生及非共生）、溶磷菌（真菌、放线菌及细菌类）、溶硅菌、菌根菌、根圈促生微生物、分解菌、铁物质生产菌、有机聚合物生产菌、复合微生物肥料、堆肥用微生物肥料等。按微生物种类分为五类：细菌类肥料（根瘤菌肥、固氮菌肥、解磷菌肥、解钾菌肥、光合菌肥）；放线菌类肥料（抗生菌肥）；真菌类肥料（菌根真菌肥，包括外生和内生菌根菌剂）；藻类肥料（固氮蓝藻菌肥）；复合型微生物肥料（两种以上微生物组合）。微生物肥料通过改善作物营养条件、固定氮素、活化无效态养分及优化土壤微生态环境促进作物生长。
